Die gesamten Flächen unterhalb des MTHW (Mittleres Tide-Hochwasser), also die gesamten Watt- und Wasserflächen im Nationalpark (und darüber hinaus im gesamten niedersächsischen Küstenmeer) werden nicht bejagt. Hier sind lediglich Jäger als Wattenaufseher eingesetzt, die Jagdschutzaufgaben wahrnehmen: u.a. Tötung kranker und verletzter Tiere, Schutz vor Wilderern. Gleiche Regelungen gelten für die unbewohnten Inseln Mellum, Memmert und Minsener Oog.

Jagdruhezonen, in denen ebenfalls die Jagd auf den Jagdschutz beschränkt ist finden sich weiterhin an den Ostenden der Ostfriesischen Inseln (über Pachtverträge geregelt) und in einigen Revieren am Festland.
Jagdverbot gilt für Seehund und Schweinswal. Der Seehund wird schon seit 1973 nicht mehr bejagt. Es konnte eine deutliche Verringerung der Fluchtdistanzen festgestellt werden, d.h., die Tiere zeigen weniger Scheu. Jäger und Fischer plädieren für eine Bejagung der Seehunde. Wissenschaftlich betrachtet sind die wachsenden Seehundbestände jedoch nicht verantwortlich für den Rückgang an Fischbeständen, sondern – ganz im Gegenteil – regulieren sie den Fischbestand positiv, indem sie nur ausgewachsene Fische fressen. Weniger Seehunde hieße also mehr ausgewachsene Fische, und die wiederum würden mehr vom eigenen Nachwuchs auffressen, der dadurch dezimiert würde.

Im Nationalpark Wattenmeer wurden Rehwild, Damwild (nur auf Norderney) auf den Inseln künstlich ausgewildert. Von Natur aus gehört es also nicht in diesen Lebensraum. Rehwild und Damwild darf, wie ebenfalls künstlich ausgewilderte Hasen, Kaninchen und Fasane zu bestimmten Zeiten bejagt werden.
Untersuchungen bei den Wasser- und Wattvögeln zeigen, dass diese Gebiete mit intensiver jagdlicher Nutzung meiden.








Am 29.06.2002 meldete die taz:

„Die Elbjäger dürfen im Schleswig-Holsteinischen Wattenmeernicht mehr jagen. Das hat in erster Instanz das Verwaltungsgericht Schleswig (Az.: 7 A 151/01) entschieden. Der klagende Verein "Elbjäger e.V." hat seit 30 Jahren die Uferbereiche der Elbe von Hamburg bis zur Nordsee von der Bundesrepublik zur Jagd vor allem auf Wasservögel gepachtet; im Ende 1999 in Kraft getretenen schleswig-holsteinischen Nationalparkgesetz wurde die Jagd im Wattenmeer und damit in einem Teilbereich der Pachtflächen verboten. Eine Ausnahmegenehmigung könne nicht erteilt werden, da die Jagdausübung dort "zu einer nachhaltigen Störung des Schutzgebietes" führe und "damit unzulässig" sei, entschieden die Richter.“